Экологический мониторинг сточных вод проводится с целью оценки фактического наличия загрязнений в стоках, поступающих в водоемы, и составления прогноза по изменению их состояния. Система, позволяющая проводить исследования уровня превышения ПДК примесей в сточных водах, может как являться частью очистных сооружений, так и быть обособленной от них. В первом случае информация поступает в центр управления работой очистных для оповещения о необходимости замены фильтрующих материалов или выходе из строя оборудования. Второй случай характерен для процесса контроля за соблюдением норм экологической безопасности по степени загрязнения стоков, когда сигнал о нарушениях идет в надзорные государственные органы или общественные организации, помогающие им.

Оборудование для экологического мониторинга сточных вод должно с высокой степенью точности определять концентрацию основных загрязняющих вещество согласно их опасности: радионуклидов, диоксинов, хлористых соединений, кадмия, нитратов, нитритов, ртути, нефтепродуктов, фторидов, мышьяка.

В нашей стране основная функция экологического мониторинга сточных вод лежит на Министерстве природных ресурсов (МПР) и специализированных службах, включая санитарно-эпидемиологическую. В конце двадцатого века началась работа над объединением информации, собираемой от разных ведомств, в единую систему, которая в итоге воплотилась в территориальные системы экологического мониторинга. В рамках этой работы МПР руководит всем процессом, координируя деятельность отдельных федеральных органов.

Выделяемые средства и персонал идут на оснащения пунктов контроля в наиболее потенциально опасных районах страны, где имеется большая концентрация опасных производств и крупнонаселенных территорий. Поэтому необходимая информация собирается не везде, что порождает белые пятна на картах экологической обстановки. Помощь в получении информации из подобных мест оказывают общественные организации. Их деятельность не только дополняет общий поток сведений, но и несет образовательную и воспитательную составляющую. Особенно, если такие общественные организации формируются из молодого поколения.